Ngay trước khi dự án thang máy không gian "Endymion" bước vào hoạt động, Touma và Index gặp gỡ Arisa, một siêu năng lực gia lv 0, người đang bị một nhóm pháp sư săn đuổi. Họ tấn công Đô thị Học Viện và một nữ lãnh đạo tên Shattoaura đã dẫn dắt mọi người chống lại họ. Thông qua Stiyl, Kamijou và Index biết được rằng Arisa chính là chìa khóa để dẫn tới chiến tranh giữa phe Khoa Học và phía Ma Thuật. Khi Khoa Học và Ma Thuật cùng gặp mặt, câu chuyện bắt đầu với Endymion làm khởi điểm.